台灣三育基督學院神學系設有本科及碩士課程。秉持著向全世界華人宣教的精神，致力於培養具有厚實的基督教理論基礎和實踐能力的人才。透過紮實和務實的神學教育課程，創造性的思考和究研設計，養成教育中的屬靈操練、體能操練、分組佈道、本土和國外宣教以及服務學習讓學生養成在-靈、智、體的均衡發展、紮實的神學素質、勇於開拓的精神以及具備神國視野的教會領袖、基督的門徒。